Majelis Jemaat adalah Pimpinan Organisasi Jemaat GKI Kebayoran Baru. Kepemimpinan ini bersifat kolektif-kolegial yang terdiri dari Penatua dan Pendeta. Saat ini jumlah Penatua adalah 98 orang dan jumlah Pendeta aktif adalah 4 orang. Wujud kepemimpinan Majelis Jemaat dinyatakan dalam Persidangan Majelis Jemaat (PMJ) yang diselenggarakan 1 kali dalam 1 – 2 bulan. Dalam pelaksanaan sehari-hari, kepemimpinan Majelis Jemaat dilaksanakan oleh Badan Pekerja Majelis Jemaat. Struktur dan personalia Badan Pekerja Majelis Jemaat dapat dilihat dalam halaman lain.

Hubungan Sinodal

GKI Kebayoran Baru adalah bagian dari Sinode Gereja Kristen Indonesia yang terdiri dari kesatuan GKI Jawa Barat, GKI Jawa Tengah, dan GKI Jawa Timur, melalui Sinode GKI Jawa Tengah. Sinode GKI berkedudukan di Jakarta. Sinode Gereja Kristen Indonesia Wilayah Jawa Tengah berkedudukan di Jl. Menowosari 23-A Magelang, yang terdiri dari 8 (delapan) Klasis:

1. Klasis Magelang
2. Klasis Solo
3. Klasis Yogyakarta
4. Klasis Semarang Barat
5. Klasis Semarang Timur
6. Klasis Purwokerto
7. Klasis Jakarta I
8. Klasis Jakarta II

Hubungan Klasikal

GKI Kebayoran Baru adalah bagian dari Klasis Jakarta II yang terdiri dari:

1. GKI Kebayoran Baru

2. GKI Ampera

3. GKI Bintaro

4. GKI Bintaro Utama

5. GKI Ciledug Raya

6. GKI Cinere

7. GKI Maleo Raya

8. GKI Palsigunung

9. GKI Pamulang

10. GKI Pondok Indah

11. GKI Sarua Indah

12. GKI Serpong

Hubungan Oikumenis

GKI Kebayoran Baru adalah anggota Persekutuan Gereja-gereja di Indonesia Wilayah DKI Jakarta, melalui Klasis Jakarta II.

GKI Kebayoran Baru adalah anggota Persekutuan Gereja-gereja di Indonesia, melalui Sinode Gereja Kristen Indonesia.